iSOCO fue fundada en 1999 como un spin-off del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), con el objetivo de transferir la investigación académica al mercado. Inicia su andadura en Barcelona con un grupo de cinco investigadores del Instituto de Investigación en Inteligencia Artificial (IIIA) del CSIC.

En junio y septiembre del año 2000, iSOCO abre oficinas en Madrid y Valencia respectivamente, para estar más cerca de sus clientes y de los centros de conocimiento de las universidades.

En octubre de 2000 cierra su primera ronda de financiación, entrando a formar parte de su accionariado importantes compañías de inversión; lo que permite invertir en el desarrollo de productos y soluciones innovadoras como, por ejemplo, iQuotes®, potente solución de negociación electrónica y GETsee®, agregación de información estructurada y no estructurada de Internet y gestión inteligente de la misma.

iSOCOLab, el centro de innovación de iSOCO, se crea en enero de 2001 con tres claros objetivos: mantener el nivel tecnológico de la compañía, desarrollar prototipos que puedan servir de base para nuevos productos y asegurar el carácter de innovación en la aplicación de las nuevas tecnologías a los procesos.

En mayo de 2001 la falta de espacio obliga a trasladar la sede a una nueva oficina en Barcelona, inaugurada por la Excma. Ministra de Ciencia y Tecnología Sra. Anna Birulés.

Durante el año 2002, iSOCO se adapta a las condiciones del mercado y consolida su posición como compañía de innovación orientada a la aplicación de las nuevas tecnologías en los procesos de negocio de sus clientes. En el año 2002, iSOCO cambia la composición de sus clientes adquiriendo 40 nuevos clientes durante dicho año.

En 2004 se cierra una nueva ronda de financiación, que permite a iSOCO posicionarse como una de las compañías punteras a nivel mundial en el campo de Web Semántica, participando en numerosos proyectos internacionales en esta área.